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La Scuola Superiore di Studi Universitari e Perfezionamento Sant’Anna di Pisa è stata istituita con la legge 14 febbraio 1987, n. 41; è dotata di personalità giuridica e gode di autonomia amministrativa, didattica e disciplinare.
Per gli studenti dei corsi di laurea e di laurea specialistica l'ammissione alla Scuola Superiore Sant’Anna di Pisa avviene per concorso pubblico nazionale attraverso il quale si assume lo status di allievo ordinario della Scuola. Il concorso si tiene ogni anno nei mesi di agosto o settembre precedentemente all'apertura dell'anno accademico.
A coloro che diventano allievi ordinari è richiesta l'iscrizione all'Università di Pisa, e non è richiesto il pagamento di nessuna retta a parte le normali tasse di iscrizione all'Università di Pisa. Gli allievi ordinari devono inoltre soddisfare stringenti requisiti didattici, concernenti il numero di esami universitari sostenuti ogni anno e la media; devono inoltre seguire un certo numero di corsi interni della Scuola.
La Scuola si articola al suo interno in due rami:
L’ordinamento didattico della Scuola contempla: